Chim ăn mật đốm vàng thuộc bộ Sẻ và họ Ăn mật.[3][4] Loài này bao gồm hai phân loài: Meliphaga notata notata và Meliphaga notata mixta. Phân loài đầu được Gould mô tả năm 1867 và phân loài sau được Matthews mô tả vào năm 1912.[4] Danh pháp riêng notata xuất phát từ notatus trong tiếng Latin, có nghĩa là 'có đốm' hoặc 'có dấu'.[5]

Cũng có một loài chim tương tự như loài chim ăn mật đốm vàng đã được mô tả vào năm 1844.[6]